Stanisław Kostka urodził się 28 grudnia 1550 r. w Rostkowie. Był synem Jana, kasztelana zakroczymskiego. Miał trzech braci i dwie siostry. Pierwsze nauki Stanisław pobierał w domu rodzinnym. W wieku 14 lat razem ze swoim bratem Pawłem, został wysłany do szkół jezuickich we Wiedniu. Bracia przybyli do Wiednia 24 lipca 1564 r., tj. w dzień po śmierci cesarza Ferdynanda. Wiedeńska szkoła jezuitów cieszyła się wówczas zasłużoną sławą.
Początkowo Stanisławowi nauka szła trudno, gdyż nie miał dostatecznego przygotowania w Rostkowie. Jednak pod koniec trzeciego roku studiów należał już do najlepszych uczniów. Władał płynnie językiem łacińskim i niemieckim, rozumiał również język grecki.
Wolny czas Stanisław spędzał na lekturze i modlitwie. Ponieważ w ciągu dnia nie mógł poświęcić kontemplacji wiele czasu, oddawał się jej w nocy. Zadawał sobie także pokuty i biczował się. Taki tryb życia nie podobał się jego kolegom, wychowawcy i bratu. Uważali to za rzecz niemoralną, a Stanisława za „dziwaka”. Usiłowali go przekonywać złośliwymi przydomkami „jezuity” i „mnicha”, a potem nawet biciem i znęcaniem skierować na drogę „normalnego” postępowania. Stanisław usiłował im dogodzić, dlatego nawet brał lekcje tańca. Nie potrafił się jednak w tym odnaleźć.
W grudniu 1565 r. ciężko zachorował. Według własnej relacji, kiedy był pewien śmierci, a nie mógł otrzymać Komunii świętej, gdyż właściciel domu nie chciał wpuścić kapłana katolickiego, wtedy sama św. Barbara, patronka dobrej śmierci, do której się zwrócił, w towarzystwie dwóch aniołów nawiedziła jego pokój i przyniosła mu Wiatyk. W tej samej chorobie zjawiła mu się Najświętsza Maryja Panna z Dzieciątkiem, które złożyła mu na ręce. Od niej też doznał cudu uzdrowienia i usłyszał polecenie, aby wstąpił do Towarzystwa Jezusowego.
Jezuici jednak nie mieli zwyczaju przyjmować kandydatów bez zezwolenia rodziców, a na to Stanisław nie mógł liczyć. Zdobył się więc na heroiczny czyn: zorganizował ucieczkę, do której się starannie przygotował. Było to 10 sierpnia 1567 r. Legenda osnuła ucieczkę szeregiem niezwykłych wydarzeń. O jej prawdziwym przebiegu dowiadujemy się z listu samego Stanisława. Za poradą o. Franciszka Antonio, który był wtajemniczony w jego plany, udał się nie wprost do Rzymu, gdzie byłby łatwo pochwycony w drodze, ale do Augsburga, gdzie przebywał św. Piotr Kanizjusz, przełożony prowincji niemieckiej. Spowiednik Stanisława stwierdza, że w drodze otrzymał on również łaskę Komunii świętej z rąk anioła, kiedy wstąpił do protestanckiego kościoła w przekonaniu, że jest to kościół katolicki. W Augsburgu nie zastał Piotra Kanizjusza, dlatego podążył dalej do Dylingi. Trasa z Wiednia do Dylingi wynosi około 650 km. W Dylindze jezuici mieli swoje kolegium. Tam Stanisław został przyjęty na próbę.
Wyznaczono mu zajęcia służby u konwiktorów: sprzątanie ich pokoi i pomaganie w kuchni. Stanisław boleśnie przecierpiał tę decyzję. Ufając jednak Bogu, starał się wypełniać swoje obowiązki jak najlepiej. Po powrocie do Dylingi św. Piotr Kanizjusz bał się przyjąć Stanisława do swojej prowincji w obawie przed gniewem rodziców i ich zemstą na jezuitach we Wiedniu. Mając jednak od miejscowych przełożonych bardzo dobre rekomendacje, skierował go wraz z dwoma młodymi zakonnikami do Rzymu z listem polecającym do generała. Droga była długa i uciążliwa. Stanisław z towarzyszami odbywał ją przeważnie pieszo. Dotarli na miejsce 28 października 1567 r.
Stanisław został przyjęty do nowicjatu, który znajdował się przy kościele św. Andrzeja. Było z nim wtedy około 40 nowicjuszów, w tym czterech Polaków. Rozkład zajęć nowicjatu był prosty: modlitwy, praca umysłowa i fizyczna, posługi w domu i w szpitalach, konferencje mistrza nowicjatu i przyjezdnych gości, dyskusje na tematy życia wewnętrznego i kościelnego. Stanisław rozpoczął nowicjat pełen szczęścia, że nareszcie spełniły się jego marzenia. Ojciec jednak postanowił za wszelką cenę go stamtąd wydobyć. Wykorzystał w tym celu wszystkie możliwości. Do Stanisława wysłał list, pełen wymówek i gróźb. Za poradą przełożonych Stanisław odpisał ojcu, że powinien raczej dziękować Bogu, że wybrał jego syna na swoją służbę. W lutym 1568 r. Stanisław przeniósł się z kolegium jezuitów, gdzie mieszkał przełożony generalny zakonu, do domu św. Andrzeja na Kwirynale, gdzie przebywał do śmierci.
W pierwszych miesiącach 1568 r. Stanisław złożył śluby zakonne. Miał wtedy zaledwie 18 lat. W prostocie serca w uroczystość św. Wawrzyńca 10 sierpnia napisał list do Matki Bożej i schował go na swojej piersi. Przyjmując tego dnia Komunię świętą, prosił św. Wawrzyńca, aby uprosił mu u Boga łaskę śmierci w święto Wniebowzięcia. Prośba została wysłuchana. Wieczorem tego samego dnia poczuł się bardzo źle. 13 sierpnia gorączka nagle wzrosła. Przeniesiono go do infirmerii. 14 sierpnia Stanisława męczyły mdłości. Wystąpił zimny pot i dreszcze, z ust popłynęła krew. Była późna noc, kiedy zaopatrzono go na drogę do wieczności. Prosił, aby go położono na ziemi. Prośbę jego spełniono. Przepraszał wszystkich. Kiedy mu dano do ręki różaniec, ucałował go i wyszeptał: „To jest własność Najświętszej Matki”. Zapytany, czy nie ma jakiegoś niepokoju, odparł, że nie, bo ma ufność w miłosierdziu Bożym i zgadza się najzupełniej z wolą Bożą. Nagle w pewnej chwili, jak zeznał naoczny świadek, kiedy Stanisław modlił się, twarz jego zajaśniała tajemniczym blaskiem. Kiedy ktoś zbliżył się do niego, by zapytać, czy czegoś nie potrzebuje, odparł, że widzi Matkę Bożą z orszakiem świętych dziewic, które po niego przychodzą. Po północy 15 sierpnia 1568 r. przeszedł do wieczności. Kiedy podano mu obrazek Matki Bożej, a on nie zareagował na to uśmiechem, przekonano się, że cieszy się już oglądaniem Najświętszej Maryi Panny w niebie.
Z polecenia św. Franciszka Borgiasza, generała zakonu, ciało Stanisława złożono do drewnianej trumny, co w owych czasach było wyjątkiem. Także na polecenie św. Franciszka Borgiasza, magister nowicjatu napisał o Stanisławie krótkie wspomnienie, które rozesłano po wszystkich domach Towarzystwa Jezusowego. W dwa lata po śmierci współbracia udali się do przełożonego domu nowicjatu, aby pozwolił im zabrać ze sobą relikwię głowy Stanisława. Kiedy otwarto grób, znaleziono ciało nienaruszone.
Proces kanoniczny trwał jednak długo. W latach 1602-1604 Klemens VII zezwolił na kult. 18 lutego 1605 r. Paweł V zezwolił na wniesienie obrazu Stanisława do kościoła św. Andrzeja w Rzymie oraz na zawieszenie przed nim lampy i wotów; w 1606 r. ten sam papież uroczyście zatwierdził tytuł błogosławionego. Uroczystości beatyfikacyjne odbyły się najpierw w Rzymie w domu św. Andrzeja, a potem w Polsce. Był to pierwszy błogosławiony Towarzystwa Jezusowego. Klemens X zezwolił zakonowi jezuitów w roku 1670 na odprawianie Mszy świętej i brewiarza o Stanisławie w dniu 13 listopada. W roku 1674 tenże papież ogłosił bł. Stanisława jednym z głównych patronów Korony Polskiej i Wielkiego Księstwa Litwy. Dekret kanonizacyjny wydał Klemens XI w 1714 r. Jednak z powodu śmierci papieża obrzędu uroczystej kanonizacji dokonał dopiero Benedykt XIV 31 grudnia 1726 r. Jan XXIII uznał św. Stanisława szczególnym patronem młodzieży polskiej.
Relikwie Świętego spoczywają w kościele św. Andrzeja na Kwirynale w Rzymie. Św. Stanisław jest patronem Polski (od 1671 r.) i Litwy, archidiecezji łódzkiej i warszawskiej, diecezji chełmińskiej i płockiej, Gniezna, Lublina, Lwowa, Poznania, Warszawy; studentów oraz nowicjuszy jezuickich, a także polskiej młodzieży. Jego atrybuty to: anioł podający mu Komunię, Dziecię Jezus na ręku, krucyfiks, laska pielgrzymia, lilia, Madonna i różaniec.